Pagode na Japonskem se imenujejo tō (塔, dob. pagoda), včasih butō (仏塔, dob. budistična pagoda) ali tōba (塔婆, dob. pagoda) in zgodovinsko izhajajo iz kitajske pagode, ki je sama interpretacija indijske stupe.[1] Tako kot stupe so bile tudi pagode prvotno uporabljene kot relikviarij, vendar so v mnogih primerih na koncu izgubile to funkcijo. Pagode so v bistvu budistične in pomemben sestavni del kompleksov japonskih budističnih templjev, a ker je bilo do zakona o ločitvi Kami in Bude (Shinbutsu bunri) iz leta 1868 šintoistično svetišče običajno tudi budistični tempelj in obratno, tudi v svetiščih niso redke. Znano svetišče Icukušima, na primer, ima enega.[2]
Po obnovi Meidži je beseda tō, ki se je nekoč uporabljala izključno v verskem kontekstu, začela pomeniti tudi »stolp« v zahodnem smislu, kot na primer v Eifflov stolp (エッフェル塔, Eferu-tō).
Med številnimi oblikami japonskih pagod so nekatere zgrajene iz lesa in so znane kot mokutō (木塔, dob. lesena pagoda), večina pa je izklesanih iz kamna (sekitō, 石塔, dob. kamnita pagoda). Lesene pagode so velike stavbe z dvema nadstropjema (kot je tahōtō (多宝塔, slov. Tahō pagoda) ali lihim številom nadstropij. Obstoječe lesene pagode z več kot dvema nadstropjema imajo skoraj vedno bodisi tri nadstropja (in se zato imenujejo sanjū- no-tō (三重塔, dob. trinadstropna pagoda) ali pet (gojū-no-tō, 五重塔, dob. petnadstropna pagoda). Kamnite pagode so skoraj vedno majhne, običajno precej pod 3 metre in praviloma nimajo uporabnega prostora.Če imajo več kot eno nadstropje, se pagode imenujejo tasōtō (多層塔, dob. večnadstropna pagoda) ali tajūtō (多重塔, dob. večnadstropna pagoda).
Velikost pagode se meri v kenih, kjer je ken razdalja med dvema stebroma tradicionalne stavbe. Tahōtō je na primer lahko 5 x 5 ken ali 3 x 3 ken.[3]